外務省によると、投資所得（配当・利子・使用料）に対する源泉徴収税率は、配当・利子が10％、使用料が5％となる。また免税の適用は、配当については議決権の保有割合が10％以上かつ保有期間が6カ月以上の株主、利子については政府・政府系機関が受け取る場合が対象となる。ただし、同特典を受けることが取引の主目的と判断された場合には認められない。
紛争解決に関しては、まずは税務当局間で協議し、2年を過ぎても解決できない事案については第3者から成る仲裁委員会に判断を求めることが定められた。
さらに両国間で租税に関する情報を交換するとともに、租税徴収において相互に支援することが約束された。
エストニア中央銀行によると、今年3月までの両国間の直接投資額（FDI）は、対エストニアで1,820万ユーロ、対日で10万ユーロとなっている。
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